Le suivi d'organismes vivants permet de comprendre les dangers qui les guettent et qui pourraient un jour avoir des effets négatifs sur l'homme. Des laboratoires de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA) collaborent sur le thème de la gestion des poissons migrateurs du bassin de l'Adour. Une des actions de recherche concerne la vision par ordinateur pour le suivi automatique et l'acquisition de connaissances sur le comportement migratoire d'une espèce menacée, les alevins d'anguilles. Pour cela, quelques civelles sont marquées, puis introduites dans un milieu expérimental. Pendant toute la durée de l'observation, une grande base de données de séquences vidéo est collectée. Dans cet article, les premières étapes d'un algorithme permettant de détecter et de suivre les civelles dans des séquences vidéos sont développés. La méthode de soustraction de fond a été utilisée pour détecter les civelles, ensuite, une opération d'étiquetage des composantes connexes est appliquée pour extraire toutes les informations sur les civelles. Le suivi de civelle par l'utilisation du filtrage de Kalman est actuellement à l'étude.